(1)血管病变

表现为小血管(小动脉或微动脉)的坏死性血管炎。免疫荧光检查在血管壁有DNA、C3及免疫球蛋白沉积。

(2)皮肤病理改变

皮肤病理改变为表皮萎缩，基底细胞或真皮基层液化变性或坏死，伴真皮和表皮连接部水肿。免疫荧光检查在表皮与真皮交界处有免疫球蛋白、(IgG)、(IgM)、(IgA)及补体C3、C4、C1q等沉积。

(3)肾脏病变

系统性红斑狼疮有肾及尿检异常的病人，进行活组织用电镜及免疫荧光检查时100%有肾脏病变，侵害肾小球、肾小管、间质及血管。其特征性改变为苏木精小体及肾小球基膜呈线圈样改变。免疫荧光检查呈“满堂红”现象，(肾小球肾小管及基质等均可见多种免疫球蛋白及补体沉积)。

(4)心脏的改变

系统性红斑狼疮有一半的病人累及心脏，包括心包炎、心肌炎、心瓣膜及心内膜病变。主要表现为非细菌性疣赘性心内膜炎或Libran-Sacks心内膜炎。

(5)其他

在滑膜、浆膜均有纤维蛋白样物质沉积，有细胞增生及小血管类纤维素坏死。神经系统病变有弥漫性神经细胞减少、小血管炎、微小梗塞、坏死及出血。肺的病理改变以间质性肺炎、弥漫性肺纤维化多见，肺毛细血管亦有线圈样病变。